En los años 2007 y 2008, se realizaron excavaciones en Waynaqente dentro del Santuario Histórico de Machupicchu, donde se reconstruyeron eventos de actividad humana, identificando una cerámica local de carácter utilitario con fuerte influencia centralista, administrada y distribuida por personajes de élite, resaltando la importancia del lugar con un enclave estratégico en la producción y adquisición de recursos para el Imperio Inka. El estudio de su cerámica ha definido dos estilos precolombinos: Killke e Inka, indiferenciados en la estratigrafía con una convivencia de 200 años aproximadamente, con continuidad en el uso de utensilios de formas globulares para cocinar alimentos y contener líquidos, muy comunes en las actividades comunales fabricados localmente.
El hallazgo de objetos metálicos de manufactura Inka, es indicador de la presencia de un grupo Chinchaysuyo, personajes de élite representantes del poder, que en determinado momento consolidaron morada en Waynaqente.
El estudio de su arquitectura, plantea más de un etapa constructiva que se extiende al Horizonte Tardío, en el cual alcanza su mayor expresión, modificándose el espacio con un ordenamiento y planeamiento de edificios de planta rectangular preferentemente, conservando el patrón de diseño en sus construcciones, proponiendo estructuras de carácter ritual, de vivienda y talleres.
El proyecto de Puesta en Valor del Conjunto Monumental, ha permitido recuperar sobre la base de la investigación, el carácter de su arquitectura, la adecuada reintegración de sus elementos constructivos, acompañado de una memoria descriptiva que reflejó el estado de conservación de cada una de las construcciones antes de su intervención, así como los criterios y procedimientos técnicos adoptados durante su restauración.